По современным научным представлениям, Микронезия была заселена около 4 тыс. лет назад. Западная Микронезия (острова Марианские, Палау и, возможно, Яп), судя по лингвистическим, археологическим, этнографическим, а также антропологическим данным, была заселена выходцами из Индонезии или с Филиппин. Проблема заселения Восточной и Центральной Микронезии пока еще не решена. Одни ученые, основываясь на том, что население Восточной и Центральной Микронезии говорит на языках восточноокеанийской группы австронезийской семьи, делают вывод, что заселение этой части региона шло из северной части, где сформировался восточноокеанийский праязык, другие же полагают, что в этногенезе восточных микронезийцев могли участвовать древние австронезийцы, двигавшиеся, как они думают, из Юго-Восточной Азии на восток не только через Меланезию, но и через Микронезию, а также более поздние мигранты из северо-западной Меланезии и Полинезии.
К моменту колонизации европейцами в XVI в. население Микронезии находилось на стадии разложения первобытнообщинного строя. Общество подразделялось на ряд неравноправных по своему положению социальных групп. Наиболее значительное социальное расслоение было на западной (Марианские острова, Яп, Палау) и восточной (Маршалловы острова, Кусаие) периферии Микронезии. На некоторых островных группах (Маршалловы острова, Яп) возникли крупные территориальные объединения, хотя государства еще созданы не были. Несмотря на относительно высокий (по масштабам Океании) уровень социально-экономического развития, на большинстве микронезийских островов еще существовал материнский род.
В 1521 г. экспедиция Ф. Магеллана открыла Марианские острова. В 1527 г. были открыты Каролинские острова, в 1528 г. — Маршалловы острова.
Марианские острова стали первым объектом европейской колониальной экспансии в Океании. В 1565 г. они были объявлены владением Испании, а в 1668 г. на них высадились испанские монахи-иезуиты и солдаты. Вмешательства пришельцев во внутренние дела аборигенов, попытки иезуитов насильственно крестить их привели к кровопролитной борьбе, в результате которой было истреблено почти все взрослое мужское население островов.
Через некоторое время после аннексии Мариан принадлежащими испанской короне были объявлены также Каролинские и Маршалловы острова, но фактического контроля над архипелагами установлено не было. В 1885 г. о своих притязаниях на Каролинские и Маршалловы острова заявила Германия. Она установила контроль над Маршалловыми островами, но на Каролинах все же не смогла утвердиться. Германия завладела этими островами, а также Марианскими (кроме Гуама, оккупированного США в ходе испано-американской войны), купив в 1899 г. всю эту территорию у Испании.
Аннексировав Марианские, Каролинские и Маршалловы острова, германское правительство установило на архипелагах суровый колониальный режим. Микронезийцы не раз поднимали восстания, однако все они были жестоко подавлены.
В годы первой мировой войны Марианские, Каролинские и Маршалловы острова были оккупированы японскими войсками, и после ее окончания, по Версальскому договору, эти острова были переданы Японии в качестве «мандатной территории». Япония стремилась к полной аннексии островов. На них были созданы крупные сахарные плантации; с каждым годом росло число японских переселенцев. Местные жители подвергались нещадной эксплуатации; японские власти проводили политику насильственной ассимиляции аборигенов японцами.
Во время второй мировой войны Марианские, Каролинские и Маршалловы острова стали театром военных действий между Японией и США. Население многих островов (Кваджалейн, Джалуит, Сайпан и др.) сильно пострадало от налетов американской авиации. Позже архипелаги были оккупированы США, а в 1947 г. по решению ООН переданы этой стране как подопечная территория.
Американское господство принесло жителям Микронезии новые страдания. На некоторых островах уровень жизни понизился даже по сравнению с временами японского владычества, Американские власти превратили Микронезию в свой военный полигон. На атоллах Бикини и Эниветок были проведены испытания ядерного оружия. Местное население этих атоллов было бесцеремонно выселено на малопригодные для жизни острова. Испытания ядерного оружия привели к тяжелым последствиям для жителей соседнего атолла Ронгелап: выпавшие здесь радиоактивные осадки вызвали спустя некоторое время тяжелые заболевания.
Район атолла Кваджалейн до сих пор используется как полигон для испытания межконтинентальных ракет, запускаемых из США.
Упорная борьба островитян, поддержанная прогрессивными силами всего мира, привела к тому, что властям США пришлось пойти на некоторые уступки. В частности, администрация предприняла рад мер по улучшению систем просвещения и здравоохранения. Был создан двухпалатный законодательный орган — конгресс Микронезии. Однако, как уже говорилось, права его крайне ограниченны: принимаемые им законы должны утверждаться американскими властями.
США игнорируют изложенные в уставе ООН требования, заключающиеся в подготовке подопечных территорий к самоуправлению и независимости, и предпринимают все усилия, чтобы увековечить свой контроль над Микронезией — ведь эта территория имеет важное военно-стратегическое значение. Они стремятся расчленить Микронезию, чтобы установить над каждой из ее частей более полный контроль. Так, в 1975 г. США навязали Северным Марианским островам статус ассоциированной территории, согласно которому присвоили себе полномочия, относящиеся к международным отношениям и обороне архипелага. В результате всех этих действий Микронезия оказывается в фактическом подчинении США.
Создаваемые на территории Микронезии военные базы представляют угрозу всеобщему миру.
Общественность Микронезии ведет упорную борьбу за изменение статуса своей страны.
История Микронезии богата и удивительна. Этот архипелаг полон таинственных обычаев и культурных достижений. Здесь сохранились древние руины, свидетельствующие о прошлых цивилизациях. История Микронезии является источником вдохновения и желания познать все ее тайны.