Остров Бахрейн составом горных пород сходен с прилегающей частью Аравийского полуострова. Его береговая линия сильно изрезана. Песчаные пологие пляжи перемежаются с хаотическими нагромождениями скал. В центральной части острова расположено небольшое плато, сложенное известняками и поднимающееся на 30 — 35 м над уровнем моря. На нем возвышается семь холмов высотой от 100 до 130 м. Бахрейн окружают многочисленные коралловые островки, рифы, атоллы. К северу и северо-востоку простираются на два десятка километров целые коралловые поля — бледно-розовые, пурпурные, белые, лимонные, нежно-зеленые.
Острова архипелага похожи друг на друга: однообразная пустынная равнина, песчаная почва. Лишь на некоторых из них есть холмы высотой до 15—20 м.
На многих островах есть выходящие на поверхность пресные подземные воды, истоки которых расположены по ту сторону Бахрейнского пролива — на Аравийском полуострове. Эти воды поступают на острова с материка под землей по наклонным геологическим пластам. Крупнейшие источники расположены на островах Бахрейн, Мухаррак, Ситра, Умм-Наасан. Некоторые ключи бьют близ берегов со дна моря, из них тоже берут воду, используя проложенные к ним трубы.
Климат Бахрейна переходный от тропического к субтропическому. Средняя температура января +16°, июля—августа + 37°. Осадков — около 90 мм в год, выпадают они зимой в виде редких, моросящих дождей. Летняя изнуряющая жара трудно переносится из-за высокой влажности воздуха. Летом нередки пыльные бури. Северо-западный ветер поднимаете поверхности пустынь Аравии тучи мелкого песка и гонит их к Персидскому заливу в виде ржаво-красных облаков, сквозь которые солнце кажется матовым тусклым диском. Песок и пыль обильно устилают земли Бахрейна, проникают в дома и пищу, скрипят на зубах. Пыльный горячий воздух вызывает неутолимую жажду. Лишенный рек, бедный осадками, опаленный тропическим солнцем и иссушенный горячими пыльными ветрами, Бахрейн, однако, богат цветущими оазисами, орошаемыми подземной водой. А в пустынных районах растут засухоустойчивые колючие кустарнички, полынь, астрагал, аристида, сведа, солянка, солончаковый тростник, саксаул, тамарикс, верблюжья колючка, якорцы.
Фауна небогата. Это главным образом пустынные птицы, грызуны, пресмыкающиеся. Полям постоянно грозит саранча-шистоцерка, размножающаяся на Аравийском полуострове. Несравненно разнообразнее морская фауна территориальных вод Бахрейна, включающая до 400 видов рыб, среди них много промысловых. У берегов архипелага изобилуют морские черепахи. В коралловых рифах и на отмелях множество крабов, омаров, креветок, а также моллюсков, из которых большую промысловую ценность представляет жемчужница. Наибольшим разнообразием (около 2 тыс. видов) отличаются кораллы, жизнедеятельности которых обязаны своим существованием почти все острова архипелага.
