Афганистан — страна в основном горная, значительную часть ее территории занимают хребты и плоскогорья. Равнины расположены лишь по периферии. Мощные горные цепи, веерообразно расходящиеся из северо-восточной окраины страны, делят ее на разобщенные и разные по ландшафтам районы. Направление основных горных цепей — Гиндукуша и продолжающих его хребтов — близко к широтному, что создает серьезное препятствие для транспортного сообщения между северной и южной частями Афганистана.
Обычно принято подразделять Гиндукуш на Восточный и Западный (Центральный), проводя границу по перевалу Анджуман. На крайнем востоке Гиндукуш сходен с Восточным Памиром: сравнительно невысокие и плавно поднимающиеся горные гряды рассечены широкими речными долинами, днища которых лежат на высоте 3—4 тыс. м над урорнем моря, далее, к западу, склоны обширного поднятия Восточного Гиндукуша глубоко рассечены меридиональными долинами, что приводит к обособлению крутосклонных горных цепей афганского Бадахшана Нуристана.
Главные пики Восточного Гиндукуша, уложенные гранитами, достигают более 6 тыс. м. Именно здесь находится наивысшая точка Афганистана — гора Наушак (7455 м). В отличие от других частей страны ледники и вечные снега покрывают здесь большую площадь — около 3 тыс. кв. км. Перевалы через восточный Гиндукуш многочисленны, но все они, за исключением одного, лежат на высотах более 4 тыс. м и всегда имели второстепенное значение для торговых караванов.
Центральный Гиндукуш ниже Восточного. Он отличается разнообразием форм рельефа, среди которых распространены как резкие, острые, типично альпийские, так и среднегорные, с преобладанием мягких округленных вершин. Для речных долин характерно чередование широких продольных и узких поперечных участков. Пропиливание реками осевых хребтов и наличие в самом «сердце» горной системы обширных долин, благоприятных для хозяйственной деятельности человека и издавна притянувших к себе многочисленное население, создали предпосылки для фокусирования в Центральном Гиндукуше важнейших меридиональных путей Афганистана. Перевалы, находящиеся на уровне более 3 тыс. м, допускают вьючное движение в течение круглого года, но для автомашин зимой они закрыты из-за снежных заносов.
К западу Центральный Гиндукуш сменяется труднопроходимым массивным хребтом Баба (5140 м), который занимает центральное положение в Афганистане, являясь главным гидрологическим узлом страны. От хребта Баба в разных направлениях отходят еще плохо исследованные горные цепи. По мере приближения к иранской границе хребты заметно теряют свою высоту.
С севера горная система Гиндукуша ограничена цепями передовых средневысотных хребтов, которые вместе со своими отрогами создают сложный орографический рисунок. Через полосу иссеченных водотоками и оврагами предгорий идет постепенный переход к Бактрийской равнине (называемой еще Южно-Туркестанской, или Афгано-Туркестанской). Как и окаймляющие ее предгорья, равнина покрыта лёссовыми отложениями, ближе к Амударье сменяемыми песками. Однообразие рельефа нарушают широкие долины транзитных рек и изолированные холмы. Равнине свойственны высоты от 600 м на юге до немногим более 250 м в пойме Амударьи.
Расположенная к югу от североафганского широтного горного пояса внутренняя часть Иранского нагорья занята в основном пустынными плоскогорьями, а в центре страны — массивным и сложно расчлененным нагорьем Хазараджат. Главные хребты его веерообразно расходятся к юго-западу и понижаются по направлению к соседним плоскогорьям и впадинам. Среди вершин Хазараджата многие достигают 3,5 тыс. м, а некоторые даже 4 тыс. м., вдоль подножий и по склонам хребтов, образуя огромные осыпи —даманы.
Зоной накопления рыхлых наносов служат также бессточные равнины Южного Афганистана, высоты которых снижаются от 1000 м близ предгорий до 500 м и менее у иранской границы в Систанской депрессии с ее заболоченными озерами — хамунами. Типичны для южного Афганистана каменистые пустыни — дашти (Дашти-Наумид, Даш-ти-Марго и др.), которые напоминают гаммады Сахары. Иногда встречаются солончаковые глинистые пустыни — кевиры. Примерами кевиров в Афганистане служат впадины Намакзар и Гауди-Зирра. Вдоль пакистанской границы простираются песчаные пустыни Гармсир и Регистан. Широко представлены и участки с глинистым грунтом, в том числе такыры, труднопроходимые в периоды дождей.
Рельеф в области южноафганских пустынь в целом более волнистый, чем на Афгано-Туркестанской равнине; здесь чаще встречаются отдельные останцовые возвышенности. Автомобильные дороги огибают эту возвышенную область, которую афганский географ М. Али назвал «страной труднодоступных гор и мрачных ущелий».
Прикрытые скудным растительным покровом горы Хазараджата интенсивно разрушаются вследствие активно протекающих процессов выветривания. Из-за слабого поверхностного стока рыхлые продукты выветривания накапливаются.
В стране известны многие сотни выходов на поверхность полезных ископаемых, причем некоторые месторождения железа, серебра, лазурита, свинца, меди разрабатывались на протяжении столетий. Но запасы подавляющего большинства месторождений не выявлены, и количественные характеристики их отсутствуют. Полезные ископаемые залегают имущественно в отдаленных горных районах, что при неразвитой транспортной сети создает огромные трудности для разработки.
Основные усилия геологической разведки в современном Афганистане направлены на поиски нефти, газа, руды. В конце 20 века с помощью привлеченных специалистов из СССР к юго-востоку от Шибиргана обнаружены крупные запасы природного газа — около 124 млрд. куб. м; здесь уже ведется его добыча.
На равнине Северного Афганистана преобладают соленосные структуры, крупный соляной купол у Таликана, где находятся главные соляные копи, известен уже более трех тысячелетий. Пласты соли разрабатывают на равнине и в этих местах. Разведанные запасы угля месторождениях Каркар, Ишпушта, провинция Баглан), Дарайи-Суф (крупнейшем по запасам, но расположенном в труднодоступной местности к югу от города Мазари-Шариф) и Карох (в районе Герата) оценивают суммарно в —75 млн. т. Афганские угли в основном мягкие, пылевидные, низкой калорийности. К югу от Кабула обнаружены запасы меди. К северу от Кабула найдено богатое месторождение железной руды.
Из других минеральных богатств для экономики Афганистана важен лазурит (ляпис-лазурь). Залежи лазурита находятся в бассейне р. Кокчи, недалеко от рода Джурм. Афганистан — единственный крупный поставщик этого минерала на мировой рынок.
Климат страны в целом континентальный, хотя местные климатические условия могут сильно варьироваться в зависимости от высоты над уровнем моря, позиции склонов и т. п. Афганистан находится в тех же широтах, что и государства, расположенные на южном побережье Средиземного моря: Тунис, Марокко, Алжир. Черты сходства с ними проявляются в режиме осадков, приходятся преимущественно на холодное время года, и в высоких температурах сухого, безоблачного лета. Однако зимы Афганистане бывают весьма холодными, и не только в горах, но даже на равнинах: загороженная цепями окраинных гор от теплых воздушных потоков с юга, страна одновременно слабо защищена от проникновения с севера холодных арктических масс воздуха.
В среднем за зиму бывает 9—12 вторжений воздушных масс с севера, из них три-четыре — мощных. С ними связаны абсолютные минимумы температуры в — 20, — 25°, сопровождающиеся сильными ветрами северных румбов, снегопадами и метелями, особенно обильными в горах. К югу от широкого пояса высоких горных цепей арктический воздух вызывает небольшие падения температуры — немногим ниже 0°.
На малых абсолютных высотах сильные похолодания на территории Афганистана весьма непродолжительны, так как в низких широтах происходит быстрое прогревание воздушных масс. В связи с этим изотермы января на равнинах положительные. Тем не менее резкие понижения температуры (в Гиришке, например, абсолютный минимум равен — 14°) не позволяют выращивать в большинстве даже южных районов древесно-кустарниковые культуры субтропиков и теплолюбивые однолетние культуры с длительным вегетационным периодом (типа сахарного тростника). Показательно, что такое дерево сухих субтропиков, как финиковая пальма, дает плоды только на крайнем юге страны — в Систане и в Джалалабадской котловине.
Переходы между двумя основными сезонами — зимним и летним — хорошо выражены в горах, но на равнинах они очень скоротечны. Лето начинается на юге Афганистана в апреле, а в северных районах — в мае. Летние температуры на равнинах превышают 30°. В Гиришке зарегистрирован абсолютный максимум + 45°, поэтому в июне—августе путешествовать здесь лучше в ночные часы.
Резкое различие между теплым и холодным сезонами существует и по условиям увлажнения. В течение лета господствует сухой континентальный тропический воздух, и дождей очень мало. Получаемые в зимне-весеннее полугодие осадки тоже невелики в абсолютном выражении: 100—300 мм в большинстве районов. Однако от них в первую очередь зависит земледелие Афганистана — как поливное, ибо осадки в виде снега обеспечивают основное питание, так и неполивное, которое ведется в условиях низких вегетационных температур, когда испарение невелико. Не зря гласит пословица: «Пусть лучше Кабул останется без золота, чем без снега». Изменчивость в выпадении осадков велика, что отрицательно отражается на сельском хозяйстве.
Гидросеть Афганистана, сравнительно густая в горах, сильно разрежена на равнинах. Исключая Кабул и его притоки, принадлежащие бассейну Индийского океана, все реки заканчиваются в бессточных бассейнах или теряются в песках. Нехватка воды сдерживает развитие земледелия во всех районах страны, кроме части Юго-Восточного Афганистана и высокогорий; для дальнейшего расширения пашни требуется регулирование стока.
Забор воды на орошение, а также сильное испарение приводят к тому, что даже крупные реки на равнинах Афганистана становятся безводными во второй половине лета. Это относится ко всем водотокам Южно-Туркестанской равнины (кроме Кундуза), к Герируду, превращающемуся местами в цепь мелких озер, Кабулу выше впадения его главного притока Панджшира и к рекам Систана, за исключением Гильменда.
Реки страны, на значительном протяжении протекающие в горных районах обладают большими запасами гидроэнергии. Напротив, для судоходства речная сеть почти не имеет значения. В горах реки слишком бурные, а на равнинах их воды разбираются на орошение. Сообщение на лодках и плотах осуществляется только в низовьях наиболее крупных рек. Некоторые реки Юго-Восточного Афганистана используют для сплава леса.
Почвы Афганистана в основном маломощные и щебнистые. Многие склоны гор почти лишены почвенного покрова Преобладают сероземы, которые формируются к северу от Гиндукуша преимущественно на лёссах, к югу — на каменистых отложениях. Поэтому большая часть пригодных к распашке земель находится в северных районах страны; на юге их меньше, они образуются лишь на аллювиальных наносах вдоль рек. Поливные почвы оазисов в большой мере созданы многовековым трудом человека, который не только преобразовал их механический состав и свойства, но нередко доставлял землю на поля из других мест. Землю, потерявшую плодородие, крестьяне периодически перетаскивали в корзинах на края участков, удобряли, смешивали с глиной дувалов и снова относили на поля. Широко распространены в стране засоленные почвы и почвы, сформировавшиеся на песках.
Флора Афганистана представлена главным образом видами ирано-туранского происхождения, лишь на крайнем востоке начинают преобладать восточноазиатские виды. Общее число видов растений на территории Афганистана составляет не менее 3,5 тыс., причем наиболее богато представлены семейства сложноцветных, бобовых, крестоцветных. Наибольшее число эндемичных видов относится к родам астрагал, окситропис, ферула, кузиния.
Растительность Афганистана отличается большим разнообразием в связи со значительной широтной протяженностью страны и проявлением высотной поясности. Но почти повсеместно, даже в юго-восточной области, испытывающей влияние муссонов, растительному покрову страны свойственна одна общая черта — преобладание ксерофитных, засухоустойчивых видов.
Неблагоприятное сочетание высоких летних температур с недостаточным количеством осадков вызывает разреженность растительного покрова. На равнинах господствует пустынная эфемерная растительность, в северной части страны преобладают осоки и мятлики, в южной — солянки и полыни, встречаются колоцинты — дикие горькие арбузы. На плоскогорьях наиболее распространена степная растительность из колючих подушек — астрагалов, акантолимонов, сочетающихся с парчовым редколесьем и разреженными зарослями фисташки.
В сухих, всхолмленных степях предгорий Северного Афганистана в вегетационный сезон развивается богатая травянистая растительность. Здесь обильные пастбища и сенокосы из житняка и мятлика, местами доминируют заросли полыней с участками луковичного мятлика, много верблюжьей колючки.
Леса (дуб, гималайский кедр, сосна, ель, пихта) занимают менее 5% площади страны, преимущественно в горах, на востоке. Лесные массивы сохранились в малодоступных районах, плохо обеспеченных дорогами.
В ряде местностей Афганистана сохраняет значение промысел фисташки и съедобных орехов сосны Жерара. Последние напоминают сибирские кедровые орехи, но имеют удлиненную форму. В поджаренном виде их продают на городских базарах. Население собирает плоды диких кустарников: барбарис, облепиху, ежевику, лещину, шиповник, гранатник. В лесах собирают также плоды грецкого ореха, заготавливают канифоль, смолу, камедь, мед, воск.
Животный мир Афганистана довольно богат. Из копытных на равнинах обитают дикий осел кулан, джейран, сайга. В тугаях и фисташниках пасутся кабаны. В горах обитают дикие козы и бараны, в том числе винторогий козел, пасущийся на неприступных склонах, и самый крупный из баранов — архар, украшенный великолепными закрученными рогами.
Из хищников в тугайных зарослях встречаются лисица, камышовый кот, в тугаях Амударьи еще сохранился тигр. В лесах Нуристана есть медведи. Для всех районов Афганистана обычны волки. Они особенно опасны зимой, когда стаями спускаются с гор и проникают в селения. Очень сильно страдают от волков овечьи стада, для защиты которых местные пастухи держат больших собак типа волкодавов.
Очень много в Афганистане грызунов: дикобразов, зайцев, тушканчиков, сурков, полевок. Некоторые животные, в частности хищные, имеют промысловое значение, их мех идет на экспорт. На копытных население охотится преимущественно зимой, когда меньше полевых работ. Кабанов мусульманское население считает «нечистыми животными» и их мясо не потребляет. Кабаны наносят большой урон хозяйству, уничтожая посевы.
Афганистан лежит на важных путях перелета птиц. Поздняя осень и ранняя весна — главные сезоны для промысла птиц, как водоплавающих, распространенных на озерах Систана и в долинах североафганских рек (где водится также много фазанов), так и птиц каменистых местообитаний (куропатки, дрофы, пустынная курочка).
В Афганистане много пресмыкающихся, среди которых — серый варан, длиной до 1,5 м, ядовитые змеи: кобра, гюрза, эфа и др.
Среди множества насекомых заслуживают упоминания малярийные комары (от них особенно страдают жители Афгано-Туркестанской равнины), термиты, сильно повреждающие деревянные сооружения, и паукообразные: скорпионы, тарантулы, каракурты, фаланги, клещи аргизиды (распространители возвратного тифа). Поля Афганистана подвержены опустошительным налетам саранчи.